一、丢失增值税专用发票的处理
（一）发票未开出便丢失
1.购票单位应于事发当日书面报告国税机关，报告内容包括专用发票份数、字轨号码、盖章与否等情况。
2.通过国税机关在《中国税务报上》刊登“遗失申明”。
3.使用防伪税控系统开票的一般纳税人，还应持IC卡到国税机关办理电子发票退回手续。
（二）发票已开出但未认证时丢失
1．丢失发票联：
(1)使用专用发票抵扣联到主管税务机关(正常)认证。
(2)将专用发票抵扣联作为记账凭证。
(3)并用专用发票抵扣联复印件留存备查。
2．丢失抵扣联:
(1)使用专用发票发票联到主管税务机关(正常)认证。
(2)将专用发票发票联作为记账凭证。
(3)并用专用发票发票联复印件留存备查。
3．丢失发票联和抵扣联：
(1)购买方的处理方式：
①购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证;
②销售方所在地主管税务机关出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》;
③认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
(2)开票方的处理方式：
①提供发票复印件;
②开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》;
③将两者交由收票方主管税务机关审核，同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
（三）发票已开出且认证时丢失
1.丢失发票联：
(1)使用专用发票抵扣联作记账凭证。
(2)使用专用发票抵扣联复印件留存备查。
2.丢失抵扣联：使用专用发票发票联复印件留存备查。
3.丢失发票联和抵扣联：
(1)开票方需要复印发票复印件，并由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》。
(2)由收票方主管税务机关审核同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
二、丢失增值税普通发票的处理
(一)销售方：
丢失了增值税普通发票的记账联，到中国税务报刊登遗失声明、去税局挂失后，若能取得购买方的发票联复印件，可以使用发票联复印件记账。
(二)购货方：
丢失了增值税普通发票的发票联，销货方在登报办理发票挂失后，可以把记账联复印件给购货方做账。其复印件上加盖纳税人的发票专用章。
三、增值税发票丢失的处罚
丢失已开具的发票：百元以下的，每份20元，累计不超过3 000元;千元以下的，每份50元，累计不超过5 000元;万元以下的,每份100元，累计不超过1万元。
增值税专用发票，每份100元，累计不超过1万元;增值税普通发票，每份50元，累计不超过5 000元。
丢失百位发票5份以下，丢失千位发票2份以下，或同时丢失百位发票5份和千位发票2份以下的，首次违反并按税务机关要求在限期内改正的，不予处罚。