一、丢失增值税专用发票的处理
1、丢失记账联
记账联是销售方用于记账的原始凭证。那么此时应当取得其他联次的复印件，由原件保存单位或个人在复印件上标明“与原件核对无误”，最好是加盖公章。
2、丢失抵扣联
属于交付给购买方的扣税凭证，可以凭借相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证。
3、丢失发票联
属于交给购买的记账凭证，那么同样可以凭借相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。
4、发票联和抵扣联都丢失
如果给购买方的两联发票都不见了，那么此时只能凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
注：上述复印件都应当加盖公章。
二、丢失增值税普通发票的处理
1、可以取得证明时：
取得原开出单位盖有公章的证明，并注明原来凭证的号码、金额和内容等，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，代作为原始凭证。
2、确实无法取得证明时
确实无法取得证明时，如火车、轮船、飞机票等凭证，由当事人写出详细情况，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，代作为原始凭证。
三、电子发票丢失
如果是电子发票丢失的话，那么重新打印即可，操作起来也相对于纸质发票来说要简单一些。有两种方法：
1、购买方自行根据发票代码、发票号码、开票日期、开具金额(不含税)等信息，在全国增值税发票查验平台查验通过后，下载电子专票。
2、跟销售方商量，重新打印提供。
发票丢了“首违不罚”？那可不一定！
随着新政“首单不罚”的出现，很多人也认为发票也可以，但实际上呢?
目前没有任何确切的条例，规定发票丢失属于《税务行政处罚“首违不罚”事项清单》!该罚还是要罚的!具体措施及处罚金额要结合当地税务机关措施。
具体罚多少?《长江三角洲区域申报 发票类税务违法行为行政处罚裁量基准》(2020年第4号公告附件)第13项规定，“丢失发票或擅自损毁发票"的处罚标准为：
1.定额发票不满500份，卷式发票不满300份，其他发票不满100份的，处1000元以下的罚款。
2.定额发票500份以上，卷式发票300份以上，其他发票100份以上200份以下的，处1000元以上10000元以下的罚款。
3.其他发票超过200份或者有其他情节严重的，处10000元以上30000元以下的罚款。有违法所得的予以没收。
但在实际过程中，也不完全是一刀切 ：
根据《中华人民共和国行政处罚法》(2021年修订)第三十三条规定：
违法行为轻微并及时改正，没有造成危害后果的，不予行政处罚。
初次违法且危害后果轻微并及时改正的，可以不予行政处罚。
当事人有证据足以证明没有主观过错的，不予行政处罚。