水利二级资质是指水利部门颁发的证明企业具有从事水利工程建设活动的能力和条件的证书，也是企业参与水利工程招投标的必备条件。水利二级资质的办理流程一般分为以下几个步骤：
第一步：准备申请材料
申请水利二级资质需要提供以下材料：
1.申请表：填写企业基本信息，如名称、地址、法人代表、注册资本、联系方式等，以及申请的水利二级资质类别和代码。
2.营业执照：复印件需加盖企业公章，原件需出具核实意见。
3.组织机构代码证：复印件需加盖企业公章，原件需出具核实意见。
4.税务登记证：复印件需加盖企业公章，原件需出具核实意见。
5.社会保险登记证：复印件需加盖企业公章，原件需出具核实意见。
6.资质证书：如企业已经取得其他类别的水利资质或其他行业的资质，需提供资质证书的复印件，并加盖企业公章。
7.企业法人代表的身份证：复印件需加盖企业公章，原件需出具核实意见。
8.企业技术负责人的身份证、职称证书、执业资格证书：复印件需加盖企业公章，原件需出具核实意见。
9.企业主要技术人员的身份证、职称证书、执业资格证书：复印件需加盖企业公章，原件需出具核实意见。
10.企业近三年的财务报表：包括资产负债表、利润表、现金流量表等，需经会计师事务所审计，并出具审计报告。
11.企业近三年的纳税证明：需由税务机关出具，证明企业按规定缴纳了各项税费。
12.企业近三年的社会保险缴纳证明：需由社会保险机关出具，证明企业按规定缴纳了各项社会保险费用。
13.企业近三年承接的水利工程项目的合同、竣工验收证明、业主评价等：需证明企业具有相应的水利工程施工经验和业绩。
14.企业的施工机械设备清单：需列明设备的名称、规格、数量、价值、购置时间等，以及设备的购置发票或租赁合同等。
15.企业的质量管理体系文件：包括质量方针、质量目标、质量管理手册、质量管理程序文件、质量管理记录等，需经质量认证机构认证，并出具认证证书。
16.企业的安全生产管理制度：包括安全生产责任制、安全生产规章制度、安全生产教育培训制度、安全生产检查制度、安全生产事故报告处理制度等。
17.企业的环境保护管理制度：包括环境保护方针、环境保护目标、环境保护管理手册、环境保护管理程序文件、环境保护管理记录等，需经环境认证机构认证，并出具认证证书。
18.其他相关材料：如水利部门或其他部门要求提供的其他材料。
以上材料需按照规定的格式和顺序装订成册，一式三份，分别为正本、副本和备份。正本和副本需用彩色打印，备份需用黑白打印。正本和副本需加盖企业公章，备份无需加盖公章。
第二步：提交申请材料
申请水利二级资质的企业需将申请材料提交到所在地的省级水利厅（局）或者直辖市水务局，或者水利部指定的其他机构。提交申请材料前，需在水利部门的网站上进行网上申报，填写相关信息，并上传申请材料的电子版。提交申请材料时，需出具网上申报的打印件，并与纸质申请材料一并交验。水利部门会对申请材料进行初审，如有不符合要求的，会通知企业进行补正或修改。
第三步：接受现场核查
水利部门会对申请水利二级资质的企业进行现场核查，核查的内容包括企业的注册地、办公场所、施工现场、施工机械设备、技术人员、财务状况、质量管理、安全生产、环境保护等方面。现场核查的时间和地点会提前通知企业，企业需配合水利部门的工作人员进行核查，并提供相关的证明材料和记录。水利部门会根据现场核查的情况，出具现场核查报告，并将报告与申请材料一并上报给水利部。
第四步：等待审批结果
水利部会对申请水利二级资质的企业进行综合评审，评审的依据是申请材料、现场核查报告以及水利部门的相关规定。评审的结果有三种：批准、不予批准和补正。批准的企业会收到水利部颁发的水利二级资质证书，证书上会注明企业的名称、地址、法人代表、注册资本、资质类别和代码、有效期等信息。不予批准的企业会收到水利部出具的不予批准通知书，通知书上会说明不予批准的原因和依据。补正的企业会收到水利部出具的补正通知书，通知书上会要求企业在规定的时间内补正或修改申请材料，并重新提交。水利部会在收到企业的申请材料后的60个工作日内作出审批结果，并通过水利部门的网站公示。
第五步：维持和变更资质
获得水利二级资质的企业需按照水利部门的要求，定期进行资质的维持和变更。维持资质是指企业在资质有效期内，按照规定的时间和方式，向水利部门报送相关的信息和材料，证明企业仍然具备水利二级资质的条件和能力。变更资质是指企业在资质有效期内，因为企业的名称、地址、法人代表、注册资本、资质类别等发生变化，需要向水利部门申请变更资质证书的情况。维持和变更资质的具体流程和要求，需参照水利部门的相关规定执行。